西安肛腸醫院徽標主要為一變形的“G”和帶有紅十字的球体构成。右傾45度，又可以看成英文字母“Xi”。其中Xi代表的是西安，G代表的是肛腸，紅十字代表的是醫院，所反映的是西安肛腸醫院的名稱。
會標圖形寓意在于：
1、 該徽標的整体觀，為一宇宙飛船繞星球盤旋飛馳，和公司徽標、网站徽標設計相一致。反映的是醫院緊緊圍繞醫療工作，注重高科技的意識，和放眼未來、面向世界、与時俱進的開拓精神。
2、 變形的“G”還可以看成一具鐵犁，犁出深藏的瑰寶。它反映的是我院扎實實干，辛勤耕耘的工作精神，在這种精神下我院一定會在肛腸領域結出丰厚的成果。
3、 變形的“G”還可以看成小寫的“b”,代表我院的工作重點是“便秘”研究。