西安肛肠医院徽标主要为一变形的“G”和带有红十字的球体构成。右倾45度，又可以看成英文字母“Xi”。其中Xi代表的是西安，G代表的是肛肠，红十字代表的是医院，所反映的是西安肛肠医院的名称。
会标图形寓意在于：
1、 该徽标的整体观，为一宇宙飞船绕星球盘旋飞驰，和公司徽标、网站徽标设计相一致。反映的是医院紧紧围绕医疗工作，注重高科技的意识，和放眼未来、面向世界、与时俱进的开拓精神。
2、 变形的“G”还可以看成一具铁犁，犁出深藏的瑰宝。它反映的是我院扎实实干，辛勤耕耘的工作精神，在这种精神下我院一定会在肛肠领域结出丰厚的成果。
3、 变形的“G”还可以看成小写的“b”,代表我院的工作重点是“便秘”研究。